，成为明朝的藩属；但是土蛮仍然倔强，屡次要求“贡市”，——其实只是通商，——但是居正认为在土蛮没有屈服以前，谈不到“贡市”。事情成了僵局，土蛮屡次引兵进攻，想用武力强迫中国通商，蓟辽方面的防务，永远不能松懈，其故在此。神宗在居正把辽东警报奏进以后，立刻吩咐内阁拟旨，谕兵部议进剿之策。居正面奏道：“九月初间，有北虏俺答部下头目恰台吉，差人于土蛮营中，侦知土蛮欲纠众向辽，讲求贡市，臣即驰语总督梁梦龙，令其再侦的实，多方设备；传示辽东总兵李成梁，巡抚周詠，虏若纠大众至，勿轻与战，但坚壁清野，使之野无所掠，虏气自挫。又使梁梦龙亲率师东行，发劲兵二枝，为辽东声援。令蓟镇总兵戚继光，选精锐，乘间出塞，或擣其巢，或邀其归以挠之。今据报各官具如臣指：梁梦龙已东驻山海，遣参将许汝栗、杨继，出关截杀；戚继光移驻一片石，伺间邀击，辽东收保已毕。虏以十月初二日，至宁前向中所地方，此中地狭人稀，虏众无所掠，势不能久，旦夕必已退遁。今敕本兵姑议驱剿，以后相机别议。且彼中戒备颇严，谅无疏失，伏惟皇上少宽圣怀。”
在这一大片叙述里，居正把辽东的布置，完全说明。
神宗点头道：“先生费心处置，朕知道了。”（奏疏十一《送起居馆论边情记事》。对话用原文。）
经过这番布置以后，土蛮底军队退去了；后来土蛮和速把亥同驻红土城，分兵进攻锦州、义州，成梁出塞二百余里，直抵红土城，杀去四百七十余名鞑靼武士，这是所谓红土城之捷。
万历七年十月，总理河漕都御史潘季驯，漕运侍郎江一麟奏报河工告成。自从六年正月以来，居正把河、漕事务，完全交付吴桂芳，不幸就在正月，桂芳病殁。二月，居正起用潘季驯总理河、漕。四月，季驯疏辞总理河、漕事务，上谕不许。季驯这才放手做事，六月上疏条陈六事：“一曰塞决口以挽正河，二曰筑堤防以杜溃决，三曰复闸坝以防外河，四曰创滚水坝以固堤岸，五曰止浚海工程以免糜费，六曰寝老黄河之议以仍利涉。”
季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨：“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说：夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁岤之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过：“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说：“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说：前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道：比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起：
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深：水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬：其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力：俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称：谕元辅张少师先生：在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言：“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
二十五日早朝以后，居正到文华殿，听候召见。他叩头谢恩以后，跪奏道：“臣前奉钦依，在京守制，服满朝见。”
“先生全忠尽孝，万古留名，”神宗说。
居正重新叩头道：“臣蒙皇上天恩，委曲体悉，故得以少尽臣子之情，不胜感戴。”谢恩已毕，居正又叩头道：“昨蒙圣恩，特降手敕，恩赉殊常，尤不胜感戴。”两度叩谢以后，居正奏称：“昨奉敕谕，着臣以后照旧朝参，臣即当钦遵。但年前数日，尚在三年之内，余哀未忘，仍望皇上俯容，再宽数日，免令朝参陪论，候元旦庆贺后，照旧朝参供职。”
神宗计算年前只剩几天，因此吩咐道：“先生元旦出来也罢。”居正叩头遵旨。
神宗吩咐内监道：“与先生酒饭吃。”居正叩头道谢。
居正又奏道：“臣在制中，屡荷两宫圣母慈恩，赐赉稠叠。今服满，欲诣各宫门外，叩头称谢，未敢擅便，请旨。”
神宗说：“是。着张宏引进。”
居正跟随太监张宏先到慈庆宫外叩头。仁圣皇太后遣内监传旨道：“先生忠、孝两全了，宜益尽心辅佐。”仁圣太后赐银五十两、纻丝四表里。
张宏再领居正到慈宁宫。张宏进去，居正在外面叩头。慈圣皇太后是神宗生母，因此说话更觉亲切。她着张宏传旨：“皇帝冲年，凡事多赖先生辅佐，天下太平。今服制已满，忠、孝都全了，宜益尽心处置国事。”慈圣太后吩咐张宏管待居正三杯酒，另外特赐膳九品、金执壶一把、金台盏一副、金镶牙著一双、银五十两、彩段四表里、荤素食八盒、甜食四盒、酒十瓶。（见奏疏九《召见平台记事》，对话用原文。）
万历六年大婚，群臣一概加恩，居正因守制未预，至是吏部题请加恩。神宗降谕，加太傅，岁加禄米一百石，原荫武职伊男，升一级世袭。居正再疏辞免恩命，最后神宗准如所请，完成居正功成不居的志愿。在再辞恩命疏中，（奏疏九）居正提起神宗在日讲时候的谈话：先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生子、孙便了。
他接受武荫进级的恩赉，但仍辞太傅加禄。他说：
夫施及于己身者，其恩犹浅，施及于子、孙者，其思为深；戴德于一时者，其报有尽，戴德于后世者，其报无穷。今蒙圣恩，怜念臣男，擢之卫司，延以世赏，藐焉弱息，荷此殊荣，斯盖前谕所谓看顾臣子、孙惓惓之意也。臣不胜感激，不胜顶戴，谨拜手祗领，仍嘱臣后嗣，世效犬、马，仰报生成。（奏疏九《再辞恩命疏》。）
万历八年正月，吏部因居正任一品官，已满九年，例应考满加恩，居正具疏力辞，更提出万历五年在京守制的心境，他说：
臣出则综理国事，尽在公之义，入则守其苴绖，执居丧之礼，是臣之不去者，报君恩也，守制者，报亲恩也。士大夫有识者，咸谓皇上之所以处臣，与臣之所以自处，于君臣、父于之情，庶几两全而无害矣。然身虽属于公家，事实殊于见任，今乃又计算前后月、日，通作实历，积日累劳，循例考满，则事同见任，礼旷居丧，君、臣之义虽全，父、子之情则缺矣。皇上昔日之所以处臣，与臣之所以自处者，岂不两失之乎？……盖事必揆诸天理之当，即乎人心之安，乃无歉恨，所谓“求仁而得仁”者。今臣自审，于理欠当，于心未安，故不得不仰控圣明，冀申情款，惟求协夫事理之中而已，非畏人之议己，而故为是喋喋也。伏望圣慈俯鉴愚诚，特停恩命，敕下吏部免臣给由，庶臣得以安心供职，而皇上曲全之仁，与微臣自处之义，终为完善，无所亏缺矣。（同卷《辞考满加恩疏》）
经过居正尽情剖白以后，神宗传旨道：卿昔为朕勉留，夙夜在公，忠勤弥笃，殊勋茂绩，中外所知。该部题请考满加恩，委系彝典。兹览卿奏，辞俸守制，与夺情起复不同，朕心更觉洞然。卿之所处，实为恩、义两尽，足以垂范万世，特允所辞，以全忠、孝大节。至于卿之勋劳，简在朕心，当别有酬眷。（见上）
万历八年二月，神宗亲耕耤田；三月奉两宫皇太后至天寿山谒陵。居正认定现在是归政的时期了，在扈从谒陵回京以后，随即上疏乞休。他说：臣一介草茅，行能浅薄，不自意遭际先皇，拔之侍从之班，畀以论思之任，壬申之事，又亲扬末命，以皇上为托。臣受事以来，夙夜兢惧，恒恐付托不效，有累先帝之明。又不自意，特荷圣慈，眷礼隆崇，信任专笃，臣亦遂忘其愚陋，毕智竭力，图报国恩，嫌怨有所弗避，劳瘁有所弗辞，盖九年于兹矣。每自思惟，高位不可以久窃，大权不可以久居，然不敢遽尔乞身者，以时未可尔。今赖天地祖宗洪佑，中外安宁，大礼大婚，耕耤陵祀，鸿仪巨典，一一修举，圣志已定，圣德日新，朝廷之上，忠贤济济。以皇上之明圣，令诸臣得佐下风，以致升平，保鸿业，无难也。臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。且臣禀赋素弱，比年又以任重力微，积劳过虑，形神顿惫，血气早衰，逾五之龄，须发变白，自兹已往，聪明智虑，当日就昏蒙，若不早自陈力，以致折足复餗，将使王事不终，前功尽弃，此又臣之所大恐也。伏望皇上特出睿断，亲综万几，博简忠贤，俾参化理，赐臣骸骨，生还故乡，庶臣节得以终全，驾力兔于中蹶。臣未竭丹衷，当令后之子孙，世世为犬马以图报效也。（同卷《归政乞休疏》）
居正归政乞休，本来是一种谋定而动的办法，但是完全出于神宗和其他诸臣底意料，大众都有些茫然。神宗立即下旨慰留：卿受遗先帝，为朕元辅，忠勤匪懈，勋绩日隆，朕垂拱受成，倚毗正切，岂得一日离朕？如何遽以归政乞休为请，使朕恻然不宁。卿宜仰思先帝丁宁顾托之意，以社稷为重，永图襄赞，用慰朕怀，慎无再辞。（见上）
居正奉旨以后，再上第二疏。这一次他决定不再往内阁办事了，疏中备言：
念臣发迹寒单，赋才谫劣，仰承先帝顾托之重，祗荷皇上眷遇之隆，分当捐身，庶以仰酬高厚之万一，岂敢辄求引退，图遂私怀。但臣葵藿之志虽殷，而犬马之力已竭，一自壬申受事，以至于今，惴惴之心，无一日不临于渊谷，中遭家难，南北奔驰，神敝于思虑之烦，力疲于担负之重，以致心血耗损，筋力虺隤，外若勉强支持，中实衰惫已甚，餐荼茹堇，苦自知之，恒恐一日颠仆，有负重托，欲乞身于圣明之前，非一日矣。独念国事未定，大礼未完，口嚅嚅而不忍言，心依依而未能舍。今赖皇上神圣，臣得以少效愚衷，中外乂安，国家无事，诸大典礼，皆已完就，乃敢一言其私，盖亦度其时可以去而去耳。昔颜回有言，东野毕之马将败矣，步骤驰骋，朝礼毕矣，历险致远，马力尽矣，而犹求马不已。无何而东野毕之