但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说：夫令所以布信，数易则疑，法所以防j，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说：“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起：吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说：“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次：
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说：
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨：卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说：虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事：
藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子：“俺答常远处青山，二子：日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人：在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起：藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨：联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；j贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说：“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正