陷入了巨大的了困难。
因为小路从南京保卫战回来的路上和吕正ca的并肩作战，小路建议他在根据地施行挖地道,藏物资藏人藏兵，两年多下来，大见成效。几乎家家都有地道。表面上房子还是破旧，但是东西都在地下。
这一年冀中的玉米产量大增，优良品种在根据地迅速传播，粮食丰收，都埋在地洞里。
铁路沿线的百姓因为汉ji多，还是遭受了损失，吕正ca率领部队打了几次，救出了几万百姓。
冀中大平原没有山，救出来的百姓只好转移到远处的平原地区，能投亲靠友的尽量投亲靠友，没有亲友的只好由政府安排，去附近的乡村躲避进地窖里。
部队则更加困难，百姓掩蔽好了以后，部队打过几仗，冬季没有青纱帐掩护，行踪暴露，游击战很不顺利，最后，只好连夜突围，进了太行山。这一次，他们损失了上千的队伍，给鬼子伪军一很大的打击，鬼子损失了数百人，伪军损失了上千人。
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山西的局面也不很乐观。
日军南北夹击，晋南和豫北增援的日军使得八路军倍感压力。大同来的日军气势汹汹，南北夹击的局面已经形成。百姓和民兵损失很大，有的村庄百姓全部被杀。
这时候，百团大战第二阶段命令下达了。
八路军总部没有采取小路的停止百团大战的建议，但是采取了他的部分建议，比如加强根据地百姓的地道工作，加快铁路沿线百姓转移，坚壁清野，等。
第二阶段战役是彭总主张的。其原因有二，第一，用进攻对抗进攻，第二，保护根据地不受损失。
他做决定之前贺龙、关向应、聂荣臻、刘伯承、邓老征求意见，并报毛公、朱总、王稼祥等。报告询问是否可以彻底摧毁正太路和同蒲路部分路段，使晋西北、晋察冀、太行山三大根据地联成一片。
显然这个估计乐观了。彭总的理由是有了锦州纵队的强援，有一个满员苏联装备旅的新力量，可以取得胜利。
不日，中央批准，但是要求以游击战和运动战为主，扩大第一阶段战果。
1940年12月20日，朱、彭、左联名下达了百团大战第二阶段的作战命令。这一命令要求：一、继续破坏敌寇交通；二、克复深入我基本根据地内之某些据点。
当夜，百团大战第二阶段的战斗打响。
这一次，日军增援部队数量不到一个师团，伪军倒是增加了几万人，这是和历史上日军增加两个师团的援军是不一样的。
另外，这一次八路军粮食很足，秋收没有受到影响，这也增加了八路军的战力。
战役打响，各地部队重新开战。
这一次，战役避免了攻坚战，利用自己的地形熟悉的长处，拖着日军在大山里走，并且在大山里零星地歼敌，十天下来，战斗数百次，歼灭日军达到两千，歼灭伪军上万。
八路军主力每次战役几乎都靠上次战役缴获的弹药支持，能打则打，不能打则跑。
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