巫妖大战结束之后，女娲补天，诸神施法，重塑洪荒，地仙界四大部洲的格局就是在这个时期形成的。
天灾人祸，使得人族不得不离开首阳山附近四处迁徙，不过那时候的人族还没有能力跨越茫茫大海，活动的范围只是局限在首阳山所在的南赡部洲一代，当然，这个局面会随着人教的兴起而逐渐改变，毕竟对于修炼有成的玄门弟子来说，渡海轻而易举。
巫妖两族逐渐退出洪荒的舞台，人族成了天地的主角。伏羲重生人族，以太昊之名一统中原人族诸部，定都陈地，封禅泰山；在这之后，炎帝神农氏亲尝百草，教导人族刀耕火种，更是将人族带入了一个新的蓬勃焕发的时代。
不过炎帝后期，转世人族的大巫蚩尤也逐渐将散落在人族当中的巫人部落统一，自称九黎。这些巫人体内有着一部分巫族的血脉，天生神通巨力，虽然繁衍较为困难，但比之纯粹的巫族还是要快了太多。
蚩尤鼓励九黎一族繁衍，厉兵秣马，铸八十一魔兵，分九路魔军，号称“九凶”，又与妖族大圣飞廉结盟，一明一暗，打算借助人族的气运重新使巫妖两族登上洪荒舞台。
这期间，巫族内部发生过一些分歧，大巫刑天、相柳等虽然不屑与妖族合作，但对蚩尤的计划还是十分认可，默认了此事，不过玄冥祖巫座下的大巫九凤却是态度坚决，与蚩尤分道扬镳，带领部分九黎族人迁往北冥天池一代。
蚩尤的计划稳步推进，飞廉化身人教神明，挑拨炎帝麾下的大军征伐有熊部落，有熊部落的族长少典被炎帝麾下的大将并节所杀。少典之子轩辕，天生异相，生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而聪明，乃是天命的下一任人皇，自幼便被崆峒山广成子收为徒。
少典死讯传来，轩辕下山降服并节，以德报怨，并救西陵部落女首领嫘祖，经坂泉之战，折服天下人族，炎帝惭愧，有意禅让，轩辕逊而不受。
蚩尤的计划不但没有成功，反而使得人族经此一战气运更盛，但功德皆出有熊部落，也使得他明白过来，他的对手就是轩辕！
天命如斯，那便逆天。蚩尤发动九黎魔军，飞廉亲自作法相助。九黎兵锋所指，擒杀人族诸部首领，以其头颅祭祀盘古父神，蚩尤之名一时间令整个中原闻风丧胆。
乱世英雄，轩辕金台拜相，聚集天下群雄，远征九黎。蚩尤虽然有飞廉、刑天等妖巫两族强者相助，但站在轩辕背后的是整个玄门，三教弟子陆续出手，九黎只能靠他们自己了。
轩辕凭借精妙的兵法、机关术连破九黎，使指南车穿过风雨烟雾，与蚩尤会战冀州之野，史称逐鹿之战。
这一战杀得天昏地暗，血流成河。蚩尤被轩辕用斩妖剑所杀，首级化为血枫林，四肢分葬九州。不久，炎帝神农氏乘龙登天，禅位轩辕，人族进入了轩辕黄帝统治的时期。
人族三皇陆续证道火云宫，成就人皇业位，镇压人族气运，虽有圣人之名，却无圣人之实。而见识了人族潜力的诸圣，为了使得各自的教派能够顺利的在人族中传播，便是封锁了人皇证道的途径，三皇绝学遗失，人族的术法、武道也在达到顶峰之后开始走向下坡路，这期间，道法开始逐渐昌盛，长生成了主流的追求。
值得一说的是，轩辕黄帝之后，天下共主暂由轩辕之子少昊担当，几世之后禅让于人王颛顼。颛顼残