任主席。
孙宣誓后，议长林森以大总统印绶付予孙，然后向孙致词：
“改辙易轨，为求治常经，达变通权，尤匡时急务。同人等鉴于军政府之组织，权责不专，遇事瞻顾，至大乱未平，而国本先涣，乃谋彻底之改造制定中华民国组织大纲，选公为大总统，畀以戡乱建设之全权，期早统一民国，再造共和；妥协邦交，实成法治。谋社会幸福，靳永久和平。民国前途，胥公是赖。公其宣达民意，尊重民权，黾勉仔肩，以无负国民重托，斯则同人等所以代表民国而殷殷深致其属望者也。今者受职伊始，谨致中华民国大总统印绶，俾公发号施令，资为符信，公其勉旃！”
孙中山就任非常大总统，即发表对内对外宣言。
对内宣言：“文受国会付托之重，膺中华民国大总统之选，兹当就职，谨布所怀，以告国人。……文既为致力创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞。窃维破坏建设，其事非有后先，政制不良，则政治无术。集权专制，为自满清以来之秕政，今欲解决中央与地方永久之纠纷，惟有使各省人民完成自治，自定省宪，自选省长，中央分权于各省，各省分权于各县，庶几既分之民国，复以自治主义相结合，以归于统一，不必穷兵黩武，徒苦吾民。至于重要经济事业，则由中央积极担任，发展实业，保护平民。对于外交，由中央负责，根据民意，讲信修睦，维持国际平等地位，保障远东永久和平。”
对外宣言：“自一九一七年六月，非法解散国会，北京已无合法政府存在，国会为全国各省各区惟一合法代表机关，因是组织政府，举文为中华民国大总统。文为建设民国之人，不能坐视民国危急之秋，自惜其力，不加援手。今决意殚竭能力，忠诚奉职，俾我国民，咸获满意焉。……文之第一职务，在统一民国各省各区，置诸进步修明之政府管理之下，尊重列强依条约及成例，正当取得之合法权利。全国最大之资源，悉予开发，抱开放门户主义，欢迎外国之资本及技术。”
孙中山这两个宣言的精神，主要是以地方自治、和平统一、开放门户、发展实业四事昭告中外。
孙中山就任大总统后，立即发布人事命令：
外交部长伍廷芳
次长伍朝枢
财政部长唐绍仪
次长廖仲恺
陆军部长陈炯明
内政部长陈炯明兼
海军部长汤廷光
参谋部长李烈钧
秘书长马君武
总参议兼文官长胡汉民
政治部长胡汉民
并任命居正为参议，兼理国民党本部事务。
孙中山虽极端不满陈炯明的作风，可是组织政府时仍然把两个重要职务，陆军部长和内政部长给陈，但是陈并不领情，反认为是多此一举。
他在呈请辞去陆、内两部职务时说：“一身而兼四职，实为中外历史所无。”
他所谓的四职是除了陆长、内长外，还有粤军总司令和省长。
唐绍仪也不肯“屈就”财政部长，因此该部职务由次长廖仲恺代理。
五月八日孙中山函徐世昌请其自动下野，函云：“以君之才，立于专制君主之朝，为一臣仆，犹不能有所展布，况任中华民国之重乎？世界之民主政治，既非君所尝闻，中国之何以实行民主政治，又非君所能解。贸然受此重任，而侈然不以为意，其为害于国，夫何足怪？……今日之事，君宜自省，名之不正，君之所知；君之不能有益于中华民国，而反以害之，亦君之所己觉。即日引退，以谢国人，则国人必谅君之既往，且善君之能改过也。爱君以德，故为此言。若夫怙恶不悛，必不惜以国家之生命，易一己之虚荣，则非所望于君矣。”
出现了南北两个总统对立的新局面，使北方表面统一，粉饰太平的宣传彻底破产。
孙中山就任总统后，并未加强其权力，反而加剧了和广东的地方势力的矛盾。当非常国会准备选举总统时，四月四日粤军将领举行秘密会议，拟即通电反对总统的选举。
陈炯明还是不愿自己直接出面反对，得知湖南总司令兼省长赵恒惕对选举非常总统持不同看法，便极力怂恿湖南方面发声，于是，湖南就成为反对的主力。
八日湖南教育会、农会、工会联名发出通电，反对选举总统。
九日赵恒惕在致广州参众两院的电文中声明不承认非法选出的总统。
十日以赵为首的湘军旅长以上军官联名给孙中山发电。
电云：“我公尽瘁民国，功高望重，将来合法政府成立，元首一席，定为舆论推崇，此项违法选举，万恳严词拒绝，切勿轻就，以维法纪，而定人心。”