对于直皖之战，段祺瑞一直都是信心满满。奉军入关，虽然对他打击不小，但对取得这场战争的胜利也还是信心十足，只是觉着可能要多费些周折。万没想到，一直以来自认为手握的虎狼之师竟如此不堪一击，打了三天就兵败如山倒。
这是一个很刚强的人，自觉无颜以面对天下，几次想自戕，都被左右及时拦下。
“胜败兵家常事，毕竟是北洋军内争，究竟还有同袍之谊，直军也不会做的太过。”
听到这样的反复解劝，段沉吟了许久，派人把靳云鹏找来。
靳见到老段，不知说什么好，也不知段找他何事。他虽是皖系的人，但不知为什么对皖系的失败反有些幸灾乐祸。只是，他竭力掩饰，故意装出很痛心的样子。
段此时此刻哪还有心思顾及这些，只是简单地说：“事已至此，你和他们还可以谈话，赶快去和他们商讨停战吧，条件方面我没有什么意见，只希望不要把战争带进北京城。”
有说在战前，段曾要求所部，尽量少用重炮，可见他不愿意看到太多的伤亡。这说明，老段这个人还是较为良善的。
靳云鹏从府学胡同段公馆出来，就去找傅良佐，请他去天津跑一趟，代表靳自己向直军求和。
傅到了天津径赴直隶省长公署求见省长曹锐，曹锐没有见他，也不准他离开，他便被软禁于省长公署。
前线军队一队队狼狈地逃回，北京城的风声也越来越紧。段祺瑞万般无奈，只好放低身段满面羞愧地去见徐世昌，请徐下一道停战令，免得北京城遭浩劫。
徐世昌待段辞出后，望着他的背影，冷笑说：“早知今日，何必当初呢？”
当天，徐世昌颁下停战令：“前以各路军队因彼此误会，致有移调情事，当经明令一律退驻原防，共维大局。乃据近日报告，战事迄未中止，群情惶惧，百业萧条，嗟我黎民，何以堪此？况时方盛暑，各将十躬冒锋镝，尤属可悯。应责成各路将领，迅饬前方，各守防线，停止进攻，听候命令解决，用副本大总统再三调和之至意，此令！”
十九日，段祺瑞通电引咎辞职。
电云：“保定曹经略使、天津曹省长、盛京张巡阅使、南京李督军、南昌陈督军、武昌王巡阅使、开封赵督军、归化蔡都统、宁夏马护军使同鉴：顷奉主座电谕：‘近日叠接外交团警告，以京师侨民林立，生命财产极关紧要，战事如再延长，危险宁堪言状？应令双方即日停战，速饬前方各守界线，停止进攻，听候明令解决’等因，祺瑞当即分饬前方将士，一律停止进攻在案。
“查祺瑞此次编制定国军，防护京师，盖以振纲饬纪，并非黩武穷兵，乃因德薄能鲜，措置未宜，致召外人责言，上劳主座之廑念。抚衷内疚，良深悚惶！查当日即经陈明，设有贻误，自负其责。现在亟应沥陈自劾，用解愆尤，业已呈请主座，准将督办边防事务，管理将军府事宜各本职，暨陆军上将本官，即予罢免；并将历奉奖授之勋位勋章，一律撤销，定国军名义，亦于即日解除，以谢国人。谨先电闻。”
一直到最后，段祺瑞都没有出言责怪任何人，而是把所有的责任自己来扛，这就是人品。不像张敬尧，出了事不惜把自家兄弟和忠心耿耿的义子推出去。
细看这个电报，礼貌地提到了那么多对手，竟没有此战最重要人物吴佩孚。肯定不是漏掉，是段对吴太恨之入骨了。
段在皖军战败后，由团河回到府学胡同，既不逃天津，也不奔租界。
皖系之败，不只在东西两战场上，其他各处也是败讯频传。山东德州本被皖军马良攻入，守将商德全退走。随后奉军往援，夺回德州。信阳方面皖军赵德龙与河南旅长李奎元激战，赵亦败北。察哈尔都统王廷祯响应曹吴，率军入驻康庄，在居庸关方面与皖军一战，皖军照样大败。
段祺瑞的失败，是徐世昌很乐见的。徐有他的打算，想在直奉两系之间保持一个均衡，希望其他各省的军阀也保持原有地盘和地位，互相牵制，这样他就可以成为一个有职有权的总统了。
他主张对段宽大，只要解除了兵权，就可自由安居，且应予以相当的优遇。至于其他人，除了少数民愤特别大的首要外，也尽量少株连。
徐的宽大主张得到张作霖的赞。张和皖系并没有血海深仇，不必赶尽杀绝，而他正想乘此机会收集皖系的残余，壮大自己，自要收买人心。
曹锟是主张惩办一切与战事有关的皖系政客和安福系分子，但为了保持和奉系的友好，而尽可能迁就张作霖。
但是，吴佩孚不一样，坚持要肃清安福分子，查抄祸首的财产充作善后经费，解散安福国会，幽禁段祺瑞。
直皖战争虽然十八日已经结束，直到二十三日直奉两军的先头部队才开到北京，二十四日大队人马开到，分别接